柯文哲市府最令人詬病的，正是許多民眾黨籍或皇親國戚佔用職缺，譬如曾經為黃瀞瑩量身定做，讓她幾個月之前可以傲慢宣布，自己也能再回市府工作。市議員林國成之女林珍羽，當初先入原民會再借調市長室，讓局處首長尷尬宣稱，她也很認真學原住民語。另外，民眾黨員林冠年長期掛名在北市都更中心，卻都在黃珊珊辦公室做秘書，如今他也已參選新竹縣竹北市長。

柯文哲愛將邱昱凱，自薦成為悠遊卡公司總經理，但悠遊卡業績日漸下滑。柯文哲高中同學李文宗，出任捷運公司董事長，卻在機廠設開心農場，遭議員列「4大惡狀」，捷運公安也頻頻出問題。

柯文哲也將財團二代及親戚納入市長室，比如他的遠房親戚經過柯媽介紹，佔用社會局機要缺，成為市長隨行秘書；還有安排財團二代非法擔任市府實習生，竟在媒體採訪時狠嗆記者。