位於瑞士的歐洲核子研究委員會（CERN）的科學家在實驗中發現了 “Exotic Matter” 。這是一種在之前實驗中未曾知曉的物質，似乎在傳遞著由更高級的智能所設計的“結構化數據”。 這種數據直接或間接地表明了有一種外星物種在嘗試與我們交流的可能。一個美國政府機密情報機構 NIA 開始對XM的存在和實驗的研究項目。 該項目發起人是由 Yuen Ni（NIA運作總管）下屬的 NIA 神經生物學家 Ezekiel Calvin 博士，他發現並目睹 XM 似乎對其同事 Oliver Lynton-Wolfe 有著一種“激發靈感的影響”。 Calvin 博士由此建議 NIA 應該召集一個對 XM 較為敏感的團隊來繼續該研究和實驗。

Lynton-Wolfe 博士憑借其在人工智能領域的學識成為 Niantic Project 的總工程師，他曾構建能夠通過圖靈測試的硬件和軟件。 他也發現能將智能手機轉變成為“XM掃描器”的方法，最初這需要安裝一個特殊芯片才能實現， 直到他找到了通用的方法（隨後開發 Ingress 手機 app）。 這種方法叫做“ADA”，意思是“一種探測算法”（A Detection Algorithm）。 他的目標是收集更多的XM以供實驗研究。

從那之後 Lynton-Wolfe 博士開發了絕大多數目前與 XM 相關的技術。 他首先開發 Resonators (以取得並儲存 XM 能量)、XMP 炸彈（用來停止 Resonators 的機能，這是必要的。） 和護盾（保護 Resonators 不被 XMP 影響）。 Niantic Project 團隊負責測試該掃描器應用，並與 ADA 共享實驗經驗，同時向 Lynton-Wolfe 博士報告 XM 的影響。

在某日，團隊中的一些人聽到了 “Jarvis”的聲音，說著一些讓人不安的事情，但是人們無法追蹤這個聲音。 與 Jarvis 當面對質時，他卻聲稱自己從沒有說過那些話， 而且 ADA 認為 Jarvis 並未說謊。

在這過程中有一個實驗失敗並產生糟糕的結果。除了不在現場的 Hank Johnson 以外，整個團隊意外暴露在大量的 XM 之中。 團隊成員都產生極不尋常的反應（幻覺？）並在 Portal 中看到了一個人臉， 但是每個人的反應各有不同。 Devra 和 Jarvis 都認為必須盡快離開該專案， 從而開始被 NIA 幹員糾纏追蹤。他們倆決定就此分開並擇日再見。

然而，Devra被阻止而沒能到達見面地點，只有Jarvis如約而至，在那裡，他見到了一個貌似Devra的人。他這時才意識到這是一個陷阱。 但是為時已晚，Jarvis和貌似者都被NIA特工射殺並移走了屍體。

Jarvis 已經被 NIA 特工殺害，這些特工顯然是ADA所派來的。Devra發現了這一點並認為有守護天使保護她以逃過大難。她（故意）遺失了她的手機以擺脫跟蹤她的特工。

NIA 發現 Jarvis 並非“按計劃”死亡並在不斷地組織重生（甚至在屍體解剖時仍是如此）。 他也似乎在各地 Portal 所在之處向外發出信息，強調他並未死亡，同時警告所謂的“啟蒙軍”要小心行事。

XM 掃描器（被 Devra？）泄露給公眾，以此在使用XM過程中保護人們。但是，還有另一種由 Jarvis（的鬼魂？）所散布的信息，聲稱人們應該代表自身（而不是NIA）信奉XM的全部力量，並將這種力量擴散出去。

注意這個故事曾被改變，有部份被真實世界的活動（如 #SaveKlue 、#Cassandra 、 #13Magnus等） 以及其他 XM 異常現象所影響，並且遊戲角色根據各活動的結果在現實生活中被安排各別的現身。