才剛開學，涼宮春日的自我介紹就如此勁爆。坐在他前面的男學生阿虛，也有過涼宮那樣的想法，但早就放棄了。不過涼宮認真的態度還是吸引了他觀察。結果一句無心的言語令他被扯進一個謎樣團體——SOS團，還有外星人、未來人、異世界人、超能力者等等的逼真怪事……涼宮春日擁有改變世界的力量，SOS團裡的人卻設法不讓她知道，因為不想影響世界的法則。