為因應《農田水利會組織通則》部分修正草案，將水利會改制成公務機關，農委會籌設的「農村及農田水利署」將接管全台17個水利會，並設作業基金管理水利會現金756億元，另設財團法人負責管理水利會超過2000億元的不動產，收益回歸作業基金供水利會運作。

農委會農田水利處經營發展科長林國華表示，未來農委會將升格成農業部，隨著升格，農水處也會轉型成農村及農田水利署，並規畫在全台設置6個分署，管理全台17個農田水利會。包括北部的七星、瑠公、北基、桃園、石門、宜蘭等6個水利會將歸由第一分署掌管；新竹、苗栗、台中、南投、彰化等5個水利會則歸第二分署；雲林水利會歸第三分署；嘉南水利會歸第四分署；高雄、屏東水利會歸第五分署；第六水利署主管花蓮、台東水利會。

林國華指出，水利會改制公務機關的修法將分為兩階段，由於台北市的瑠公農田水利會、七星農田水利會，其會長任期是到2020年的9月底，其餘的15個水利會長任期則是到2018年5月底，第一階段會先暫停選舉，把15個明年即將屆滿的水利會長任期往後延，和台北市2個水利會一致，未來將不再有會長一職，全部改由分署接管，會在這段期間內充分討論未來分署、水利會分工細節。

不過，業務分工已有大原則，預計分署將辦理執行公權力並涉及行政處分的業務，例如推動灌溉區開發工程，擴大水利會服務範圍，以及灌溉水源受汙染的調查及開罰，水利會則專做水路維護及灌溉用水管理。

林國華指出，至於水利會資產的處理，則會成立作業基金管理其現金756億元，另設財團法人營運水利會不動產，例如台北市忠孝東路SOGO百貨的土地，就是瑠公水利會所有，未來營運收益就會回歸到作業基金，供水利會運作之用，包括水路維護花費及支付水利會員工薪水，水利會員工福利待遇及升遷管道都將維持現有人事制度，不會受到改制影響。