要說賣台,陳水扁已經為文指出新潮流賣台:
在獄中的陳水扁，都受不了自己當時在總統任內權傾一時，卻被新潮流瞞在鼓裡，因此特別寫了一篇專文，故意強調他自己本來就不信任新潮流系，並在文中把新潮流系的「背叛」 行為，一一詳述。
陳水扁整理的新系與大陸的往來，大概有六點，原文「1.2005.4.1的AIT電文說洪奇昌向AIT副處長葛天豪透露，新潮流早在1997年開始就與國台辦建立秘密對話管道，但我一直被矇在鼓裡。
2.2005.4.29的AIT電文也提到洪奇昌代表新潮流領導人，時任台灣証交所董事長吳乃仁，於4月16日、17日秘密飛往香港中聯辦，與台灣事務部長邢魁山會面，研商建立共同打擊金融犯罪的合作機制。但該次香港密會，洪奇昌決定隱瞞另一位新系大老邱義仁，因邱義仁是國安會秘書長，擔心他基於職責必須向我報告，我向來不信任新系，若我獲悉此事，肯定會全力阻擾。
3.雖然洪奇昌對以上相關內容矢口否認，但AIT電文都是洪其昌向葛天豪所做的報告內容，AIT不會無中生有。
4.洪奇昌坦承從1997年起新潮流與國台辦即建立秘密對話管道，我並不知情。8年總統任內，沒人告訴過我新系有這樣的秘密對話管道。邱義仁即使知悉新系與國台辦的秘密對話管道，也從來未告訴過我。
5.洪奇昌密訪中國研商兩岸共同打擊金融犯罪合作機制是基於誰的授權？是代表政府，還是代表新潮流？政府相關部會很多，如陸委會、財政部、金管會、法務部等，輪不到台灣証交所董事長來發號施令。
6.我聽過新潮流的大老洪奇昌常跑中國，從電文得知洪奇昌在4月16日、17日飛香港，之前又有一次在3月14日「反分裂法」通過之後，他飛北京報告「反分裂法」通過後，台灣的反應。不到一個月去兩次，特別是2005年326「反反分裂國家法」百萬台灣人民站出來的大遊行後，洪奇昌卻跑到北京中南海去報告，不是很奇怪嗎？嚴重的是邱義仁跟我，及黨中央全被矇在鼓裡。」