法院裁准理由主要是: 1. 永豐銀行部分,行政院黨產處理委員會命永豐銀行配合,就國民黨帳戶內除有合於「履行法定義務」...者之外,其餘暫停提領或匯出。形同把效力等同於法院扣押命令的處分要件,委由一家營利事業公司(銀行)自行認定,並進而禁止國民黨提領動用款項,欠缺行政處分明確性。法院指出,關於具體提領行為是否屬於「履行法定義務」究竟如何認定?施行細則僅規定法定義務的意義,對國民黨單純提領款項,永豐銀行又如何能「知悉並認定」用途?永豐銀只是一間私人營利事業,是依何種法律規範,享有此公權力?
2. 台灣銀行9張支票部分,黨產處理委員會發出扣押時,應以國民黨和台銀為共同處分對象才合法,卻僅把台銀列為正本收受者,國民黨反而列為副本收受者,於法不合。
3. 法院認定國民黨主張帳戶遭凍結導致發不出黨工薪水,將受北市府勞動局裁處,情況危緊急。
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