"2018年中華民國直轄市長及縣市長選舉，民進黨大敗，失去七個縣市的執政權，並只保持嘉義縣議會的控制權；蔡英文宣布辭任民進黨主席。許多聲音直指是新潮流系造成，派系鬥爭導致黨內大敗，民進黨的派系問題再度浮上檯面。不過，2019年1月11日賴清德內閣總辭，蔡英文任命蘇貞昌出任行政院院長，新潮流系被認為繼續掌握政局。2019年2月12日，前民進黨文宣部主任陳芳明表示，2018年民進黨慘敗後，蔡英文仍然聽命於黨內派系、尤其新潮流系，「當民進黨勝選時，也就是派系勝選；而民進黨輸掉時，那是黨輸了，新潮流並沒有輸」[63]。
2018年12月12日，前民進黨高雄市黨部執行長林展鴻披露，新潮流系高雄市議員簡煥宗發起民眾（包括非民進黨黨員）至民進黨高雄市黨部抗議，要求高雄市黨部主任委員趙文男下台，並串連高雄市黨部執行委員及評議委員凍結趙文男職權，即使林展鴻與高雄市黨部副執行長邱順彬辭職仍不肯罷休。林展鴻指出，2005年趙文男提出「和解共生要從黨內派系做起」[64]，砲轟新潮流系搞鬥爭，是民進黨地方黨部主委第一人；民進黨再怎麼慘敗，新潮流系永遠是贏家，這才是最大的問題[65][66]。簡煥宗回應，他沒有發動民進黨黨員去抗議或串連高雄市黨部執委評委凍結趙文男職權，抗議事件應該是黨員自發性去抗議，他沒有能力串連高雄市黨部執委評委[67]。
2018年12月14日，吳乃仁宣布退黨退流，並說新潮流系的組成是個失敗的實驗[68]。
2019年2月27日，台北市市長柯文哲表示，國民黨花了70年才丟了江山，民進黨只花2年就丟了江山，新潮流系太過重視派系利益、甚至將派系利益放在國家利益之前，「民進黨就是被新潮流搞垮的」[69]。