綠色和平一直受到政府，工業界，甚至其它環境組織的一些非議，因為其抗議行動十分激進。它的旗艦「彩虹勇士號」曾因反對法國在南太平的核試驗而被法國特別部隊炸沉過。它的人員也常因非法闖入這一類罪行被逮捕。組織的管理機制和它使用的非暴力直接行動（某些被認為是非法的社會擾亂行為：例如示威者用鎖鏈將自己和雀巢公司的貨車鎖住，阻塞其工廠）是受爭議的主要來源，綠色和平也因這些極端行為被稱為生態恐怖組織。[39]另一方面，也有人覺得綠色和平反而太過主流化。海洋守護者領袖保羅· 沃森曾經稱之為「環保運動的雅芳推銷小姐（Avon ladies）」（雅芳是一家美國美容直銷公司，採用以雅芳小姐上門推銷產品的營銷方式），因為它們逐家逐戶（英語：door-to-door）的籌款是依賴於媒體故意曝光的配合，媒體總是把綠色和平的名字放在首頁以增加其曝光度。
有時，綠色和平更為達到目的而渲染誇大。1975年秋天，綠色和平帶著記者團去拍攝愛斯基摩人獵取海豹的「殘酷鏡頭」。綠色行動組織的時任總裁羅伯特· 亨特曾指「如果不禁獵，格陵蘭海豹將在五年內絕種。」在新聞媒體炒作、歐美電影明星和政治人物支持下，1983年歐洲議會在壓力下宣布禁止幼豹皮在歐洲出售，令整個海豹的皮毛市場崩潰。但加拿大野生動物基金會會長說：「我們並不擔心格陵蘭海豹會絕種。」受委託調查的人道機構，也發現獵殺海豹的方法並非不人道。加拿大北極圈的獵人因為斷了生計，11年內有152人自殺，而漁民損失更大。[40]
兩位重要的綠色和平的批評家分別是：冰島電影攝製者馬格努斯· 格維茲蒙茲松（Magnus Gudmundsson）和加拿大環境學家派屈克· 摩爾（Patrick Moore）。格維茲蒙茲松是支持捕鯨的紀錄片「在北方極地生存」的導演，他把焦點集中於反捕鯨和捕海豹所帶來的社會影響。摩爾是綠色和平的早期創始人之一，曾因反對破壞不列顛哥倫比亞的森林、反對核試驗和反對捕鯨而聞名，但後來立場發生一些轉變。摩爾於1986年退出綠色和平，並表示他退出的原因是綠色和平鼓吹反對在自來水中添加消毒用的氯。摩爾指責綠色和平有妖魔化所有的工業化學產品的趨勢，並稱綠色和平的領導者都沒有接受過正規的科學教育，已經完全拋棄了科學的客觀性，變成了以政治目的優先的環保極端主義組織[41]。而綠色和平組織則回應綠色和平不反對在飲用水和醫療中合理的使用氯，並表示摩爾的指責是子虛烏有[42]。同時綠色和平的支持者聲稱格維茲蒙茲松和摩爾像許多批評家一樣，都是接受了相關工業界的可觀報酬。