台北市長柯文哲成立的民眾黨進軍國會後，經常傳出運用立院黨團資源來運作黨務的爭議，挨批「寄生國會」。有週刊報導，由公帑支付的黨團辦公室，卻進駐中央黨部主管及工作人員近20人，大剌剌地寄生在立法院從事黨務工作，且即使沒配戴證件仍能靠特權進出，假日也經常在黨團辦公室繼續處理黨務。對此，民眾黨今發布嚴正聲明強調，並無所謂「寄生」之說，各大媒體以「寄生國會」為題報導，與事實不符。

柯文哲長期以來常被質疑「黨政不分」，而組黨後更是被批涉濫用市府資源、公私界線模糊。據《鏡週刊》報導，由人民納稅錢支付辦公空間及費用的民眾黨立院黨團辦公室，有半數成員都來自不具立院職員身分的民眾黨中央黨部，這些黨務主管、助理約20人，沒有依法申請出入證件，卻能天天通過門禁坐在黨團辦公室上班、使用國會資源，寄生國會的民眾黨已自砸創黨以來標舉的清廉招牌。