以下是行政院、國防部及法界專家指出該版本存在的四大問題：
一、 涉嫌「立法僭越行政權」具違憲爭議
侵犯預算提案權： 依據《中華民國憲法》第59條與第63條規定，預算案僅能由行政院提出，立法院只有「議決（審查、刪減）」的權力。
強制行政院編列： 藍營直接在法律草案中限定行政院必須「分6年、每年編列400億元常態預算」，形同立法院直接幫行政院編列預算，被批評嚴重違反「行政、立法分立原則」與憲法精神。
二、 邏輯自我矛盾：要求常態預算卻限制額度
既要常態又要匡列： 藍營強烈反對行政院提出的「2100億特別預算」，主張回歸「年度常態預算」來接受立院實質審查。
國防部質疑： 國防部長顧立雄公開質疑，常態公務預算本應根據每年的財政與實際作戰需求彈性調整。藍營一方面稱這是常態預算，卻又在法律中死死硬性匡列「每年400億」；將來政府若真依此編列，在野黨立委難道能「承諾絕不刪減、全數通過」？如果仍會面臨大刪，那所謂的「穩定財源」根本不存在。
三、 產業隱憂：不確定性恐拖垮「非紅供應鏈」
缺乏長期穩定訂單： 行政院原本的特別預算，可以提供無人機產業明確的跨年度專款支持，讓廠商敢大量投資研發。
審查拖延風險： 藍營版本改為每年審查的年度預算，業界與官員擔憂，一旦每年的年度預算審查像過去一樣遭遇朝野政爭而「拖延」或「大砍」，台灣無人機廠商將面臨隨時斷炊的危機，可能錯失加入全球「非紅供應鏈」的黃金窗口。
四、 強制國產化與產地限制，被批不切實際
產地強行分流： 藍營版本在條例中設定了嚴格的防弊與產業條件，例如要求生產基地必須分散在「至少三個不同的縣市」。
不符市場現實： 產業分析認為，台灣現行的航太與無人機聚落高度集中在特定地區（如嘉義、台中）。強行用法律命令產業去外縣市設廠，不僅增加企業營運成本，更外行干預了自由市場與產業自然聚落的形成。