慶富造船詐貸案至今仍未解，諸多質疑聲浪也甚囂塵上。時代力量立委黃國昌日前在臉書上質疑，台灣銀行一開始並沒有加入9間公股銀行的聯貸；後來不但參貸，金額更是一路從3億加碼到20億，其中是否有鬼？有媒體就指出，當時台銀原本只願撥貸3億，卻在當時的總經理、前副總統吳敦義辦公室主任蕭長瑞要求下，讓台銀參貸金額一躍成為最後的20億。

據《上報》報導，原本台銀行相關部門人員認為，台銀自最初就認定慶富自有資金比例太低，此聯貸案風險太高，而拒絕成為聯貸案的主辦銀行，但因聯貸案是行政院秘書長簡太郎出面協調參貸，又表示這是「府的指令」，台銀認為既然是「上面的意思」，不做不行，就勉強做了3億元；沒想到蕭長瑞卻說金額太少，應該再提高，最後台銀內部會議決定提高金額至10億。

然而沒想到，蕭長瑞竟又私下打通電話到負責承做慶聯貸案的台銀鼓山分行高層去，將參貸額度再次提高，最後台銀鼓山分行竟提報了近20億元，因此使得台銀在此次慶富獵雷艦聯貸案中，曝險金額高達20億元。

媒體指出，蕭長瑞為現任兆豐票券董事長，曾任職台銀、財政部金融局組長、金管會銀行局副局長、金管會主秘、行政院財政主計金融處長。2012年馬英九連任成功後，蕭長瑞隨副總統吳敦義入總統府任副總統辦公室主任，被視為吳敦義人馬。

2013年8月李紀珠任台灣金控兼台銀董事長後，台灣金控和銀行的總座人選一直懸缺，直至2014年3月，由當時身任吳敦義辦公室主任蕭長瑞轉任台灣金控總經理，再於2015年7月底兼任銀行總經理：

外界盛傳，蕭長瑞之所以得以兼任台灣金控以及銀行總座，或許正是因為他有著吳敦義辦公室主任的背景，才得以出線。直至政黨輪替後，台灣金控董事長由總統蔡英文的財經智囊成員呂桔誠接任，蕭長瑞才由台金控兼台銀總座，轉任兆豐票券董事長。