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※ 本文為 MindOcean 轉寄自 ptt.cc 更新時間: 2021-06-12 07:05:07
看板 Gossiping
作者 Risian (aj4)
標題
 Re: [問卦] 怎麼辦,實驗室數據最佳只有別人的 1/3

時間 Fri Jun 11 12:29:08 2021




有鑒於昨天高端開獎
(其實根本沒有啦..重要的應該是後面中研院去做跟AZ的GMT titer比較)


鍵盤免疫學家小弟跟大家分析一下這數據怎麼看
(其實沒人真的知道 但效果不是原po說的什麼novavax 三分之一
 也不是什麼側翼說的AZ兩倍)


首先GMT不同實驗室不同方法就是不能比
拿AZ 的phase 1/2跟phase 2/3做比較就可以看到
同一個疫苗在不同地方GMT可以天差地遠
AZ phase 1/2的GMT打完booster的28天GMT是35990
假設你還記得其他疫苗的數字,你可能會覺得他輾壓群雄XD

https://imgur.com/464igaj
[圖]

可惜沒有,同一個疫苗phase 2/3的數字就完全不同降到700這邊。

https://imgur.com/DBrHAlT
[圖]


既然看絕對值沒有意義,那全世界不同實驗室要怎麼比較?
比較科學的方法是在同一個實驗室同一個方法下去跟康復者血清的中和抗體濃度比
這就是Nat Med.那篇免疫橋接理論的邏輯
他們發現這個比值會跟真實世界的保護力有正相關
(所謂保護力的數據來自於大家熟知的這些疫苗三期期中試驗 也是普遍大家認可的方式)


https://imgur.com/aoTNfod
[圖]

上面這圖是我學弟拿高端一期數字去後製原始論文的結果
乍看下的確不差 但也不是那麼確定 請看我繼續分析


但這個方法不是沒有問題
問題就是你的康復者血清怎麼定義 拿幾個才夠?
每個康復的人他是輕症重症還是無症狀身體的免疫反應都會不同

https://imgur.com/kB0EbHp
[圖]

從這圖的右邊 綠色點點每個代表一個康復者,總量170幾個,縱軸是效價
你可以發現標準差超級大的啊
假設你康復者血清拿的不夠
那這個比較就容易失準

可以想像這就是場PK的遊戲
你要讓你的疫苗看起來效果好
你就拿一些康復者血清抗體反應都差差的人比,比起來當然很棒XD
反之,如果你不幸拿到身強力壯抗體反應超好的人,那你的疫苗就哭哭了。
你根本不知道你拿到的康復者會是麥可喬丹,還是路邊的肥宅XD


最好的方式就是拿多一點康復者血清做平均
不過要多少才有足夠檢定效力(不知道)

那各個疫苗拿了多少?
Nat Med.那篇的supplementary裡面有給各個研究的資料
看疫苗/康復者效價比大家是拿幾個sample

https://imgur.com/PMlTJlI
[圖]

Moderna拿三個,AZ也才五個XDDD
這樣真的可以嗎?(吶喊!)
印象高端一期是比對了30幾個跟Novavax, JJ, BNT這些差不多
好像Novavax後來phase 2/3有拿更多,沒有深入研究了


講了很多 結論是沒有結論(哈)
科學界到現在都還沒有共識
WHO這個月下旬才會討論要不要把這個免疫橋接的理論放進來
但我不相信他們真的有很好的科學證據
除非他能在同一個實驗 拿足夠量的康復者血清 跟各個打完疫苗人的血清來做分析

目前我們中研院應該是有打算分析打完高端跟打完AZ的GMT titer
假設在同一個實驗室做 那這個數值就可以直接拿來PK


不過這種體外抗體試驗 是否真的能代表三期的臨床保護力
雖然人家Nat Med.那篇發表在超級高分的期刊
但是他上面的點 那個只拿三個/五個康復者血清的(運氣不好通通拿到麥可喬丹)
圖真的可以這樣畫嗎?XD


科學上可能還真的不夠嚴謹 沒有強烈證據
不過就要控制疫情的時效性 我猜WHO給過的機會其實不低啦...



以上跟有興趣成為免疫大師之路的各位鄉民分享


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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 118.171.197.91 (臺灣)
※ 文章代碼(AID): #1WmkQMo1 (Gossiping)
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1623385750.A.C81.html
kawazakiz2: 先推以免被笑我看不懂1F 59.124.84.31 台灣 06/11 12:29
gsm60kimo: 已知懶叫不能比姬腿2F 39.12.99.9 台灣 06/11 12:31
sockrover: 他的二期時間比人家短是不是數值比較低3F 61.230.85.153 台灣 06/11 12:32

測定時間通常都是疫苗打完14-28天後啦
跟他收案的時間長度多長沒有什麼關係

licell: 你這篇不行,外行人看不懂4F 111.235.201.213 台灣 06/11 12:32
cute2611: 就好比60公斤的人在水中就可以輕易被舉5F 223.137.53.15 台灣 06/11 12:32
a3300689: 推整理6F 114.136.89.183 台灣 06/11 12:32
cute2611: 起在陸地就比較難 不同的環境條件不能7F 223.137.53.15 台灣 06/11 12:33
sockrover: 9.2也覺得一開始就說不好不夠科學8F 61.230.85.153 台灣 06/11 12:33
em4: 想給過 但是定不出標準吧9F 110.30.41.15 台灣 06/11 12:33
cute2611: 類比10F 223.137.53.15 台灣 06/11 12:33
ev331: 三個五個真的太誇張11F 118.165.108.109 台灣 06/11 12:33
※ 編輯: Risian (118.171.197.91 臺灣), 06/11/2021 12:36:06
em4: 太多眉眉角角12F 110.30.41.15 台灣 06/11 12:33
sockrover: 是不是至少三期期中報告再評估比較好13F 61.230.85.153 台灣 06/11 12:33
hong414: 優質 國產垃圾下去14F 49.216.132.11 台灣 06/11 12:33
ayokayok: 感謝15F 114.136.174.35 台灣 06/11 12:33
Mradult: 沒標準出來前就乖乖走三期,各國不都這16F 114.38.23.109 台灣 06/11 12:34
Mradult: 樣嗎
applejone: 高端高劑量也太好 超英趕美拉18F 140.112.14.15 台灣 06/11 12:35
Poshintow: 推一個19F 220.136.76.76 台灣 06/11 12:35
isu0911:20F 114.136.37.67 台灣 06/11 12:36
blow5566job: 結論是:高端技壓群雄,領先國際21F 36.237.196.158 台灣 06/11 12:36

也可能是AZ都挑到麥可喬丹算他衰 或者高端都專挑肥宅比啊XD
※ 編輯: Risian (118.171.197.91 臺灣), 06/11/2021 12:38:28
driver0811: 要做三期的疫苗,二期3個或5個有差嗎22F 180.217.241.89 台灣 06/11 12:37
cherokee2006: 萬一who給過的話,板上鄉民又要大23F 39.8.166.109 台灣 06/11 12:37
cherokee2006: 轉彎了
LeoTis817: 哭啊,對照組才3、5個??這我大四論25F 101.9.130.239 台灣 06/11 12:38
ev331: 台灣就試驗場啊 對全世界的貢獻點26F 118.165.108.109 台灣 06/11 12:38
LeoTis817: 文都不會過27F 101.9.130.239 台灣 06/11 12:38
knightwww: 專業推28F 60.250.40.146 台灣 06/11 12:38
ev331: AZ的200個受試者那也太少29F 118.165.108.109 台灣 06/11 12:39
ev331: 如果打AZ的也有特別選過  這樣也很奇怪
qqzz001: 想要全世界恢復正常就這樣最快 不過也可31F 1.200.147.134 台灣 06/11 12:40
qqzz001: 能變成全世界更嚴重 WHO如果通過也是一
qqzz001: 樣在賭啦 六月底不是就會討論了 高端也
qqzz001: 差不多 到時候其實就很好比較了啊
TFnight: 推一下 參考一下35F 42.76.225.139 台灣 06/11 12:40
cates: CHO你覺得會給過嗎...36F 42.73.194.137 台灣 06/11 12:41
em4: WHO不如開放各國打自己國產疫苗 後果自負就37F 110.30.41.15 台灣 06/11 12:41
em4: 是
azeroth: 恩 跟我想的一樣39F 220.143.225.109 台灣 06/11 12:42
Queenie7: 應該是第一個做的才能發到那裡吧XD40F 66.215.73.208 美國 06/11 12:43
palapalanhu: 唉41F 114.137.217.84 台灣 06/11 12:45
bbalabababa: 失智列車會噓你42F 123.194.160.80 台灣 06/11 12:45
mininakai: 推一下,雖然我看不太懂,但我看得懂43F 61.230.71.77 台灣 06/11 12:45
mininakai: 結論,總之就是還是在賭
PietroConti: 總之我是會相信中研院做出來的數據45F 101.136.203.8 台灣 06/11 12:46
piliwu: 我猜會過因為WHO沒有其他更好的方法46F 111.82.117.182 台灣 06/11 12:48
piliwu: 台灣面臨的選擇也是相似
piliwu: 台灣會這樣選當然也是時效性問題
CSFV: 推啊!這時間點一堆實驗室跟風做SARS-COVID249F 140.120.99.151 台灣 06/11 12:49
tist: 推50F 118.166.117.157 台灣 06/11 12:49
sdbb: 中研院會下神壇嗎?51F 112.104.75.185 台灣 06/11 12:49
CSFV: 只要錢夠多肯砸下去,有的沒的data拼拼湊湊52F 140.120.99.151 台灣 06/11 12:50
CSFV: 就可以發到IF很高的期刊,反正期刊界的歪風
CSFV: 很多,管你怎麼瞎雞巴做,SARS-COVID2在浪頭
CSFV: 上引用數就會很多,IF衝到爆表,可悲
reason825 
reason825: 所以中研院拿200個AZ血清跟高端3500個56F 111.255.19.71 台灣 06/11 12:53
phys5566: 先幫補57F 159.117.85.211 台灣 06/11 12:53
reason825 
reason825: 同實驗室對比似乎還有些參考價值,如果58F 111.255.19.71 台灣 06/11 12:53
reason825: 這樣高端中和抗體效價贏過AZ是不是真
reason825: 的能夠證明有效?
piliwu: 免疫橋接問題恐怕沒人能給真正答案61F 111.82.117.182 台灣 06/11 12:54
ItsMory: 推認真科普~62F 101.9.60.249 台灣 06/11 12:54
cwolf: 島內都是對的63F 1.169.150.35 台灣 06/11 12:55
swwf: 推推! 可以借轉傳嗎?64F 118.163.1.238 台灣 06/11 12:55
f860506: 推你這篇65F 220.136.94.248 台灣 06/11 12:55
piliwu: 但疫苗不是只有保護力而已他另一個更重要66F 111.82.117.182 台灣 06/11 12:56
spursforever: 說不定真的給過了67F 223.137.3.225 台灣 06/11 12:56
piliwu: 任務是防止重症死亡68F 111.82.117.182 台灣 06/11 12:56
jason90814: 他那個圖都是現實證明有用的疫苗,難69F 180.217.138.87 台灣 06/11 12:56
jason90814: 道沒有抗體高但沒用的例外?
reason825 
reason825: 而且高端看起來三期就是想拼免疫橋接了71F 111.255.19.71 台灣 06/11 12:57
reason825: ,這樣風險是不是太大了?聯亞看起來
reason825: 比較確定要拼真正的三期
liker1412: 用來比較保護力都有爭議了 更何況重症74F 60.250.51.145 台灣 06/11 12:59
questioner: 結論就是 沒有結論 看起來好像不錯75F 111.83.149.133 台灣 06/11 13:00
questioner: 真的要知道請做三期
em4: 免疫橋接我覺得不會過 出問題讓WHO扛責任嗎77F 110.30.41.15 台灣 06/11 13:01
em4:
cleanID: 推推79F 36.231.42.152 台灣 06/11 13:02
underclashes: 推專業下場解釋80F 211.20.147.161 台灣 06/11 13:03
leaeason0618: 推81F 101.9.239.171 台灣 06/11 13:03
HMKRL: 推你 看一堆只拿數字直接比大小的快笑死82F 114.33.171.174 台灣 06/11 13:04
alan781025: 推整理83F 116.59.111.199 台灣 06/11 13:04
KennethC: 哦哦哦!!84F 163.22.18.24 台灣 06/11 13:05
phyBomber: 看不懂 但還是推個專業85F 111.82.90.216 台灣 06/11 13:05
amethyst1101: 專業86F 49.216.26.231 台灣 06/11 13:06
ogs50105: 失智列車沒唸書怎麼看得懂87F 111.255.42.227 台灣 06/11 13:06
rogger: 推 至少目前看起來應該是很不錯的疫苗88F 114.32.22.200 台灣 06/11 13:06
king22649: 乖乖做三期 有三期期中報告不就沒問題89F 223.137.64.65 台灣 06/11 13:07
king22649: 了
lyxiang: 有看懂給推91F 1.164.213.110 台灣 06/11 13:09
pipida00: 專業文要推92F 114.26.207.115 台灣 06/11 13:11
ilove30and: 優質好聞93F 114.36.182.248 台灣 06/11 13:12
lazioliz: 總算有篇正常的文94F 118.171.170.196 台灣 06/11 13:13
terry31131: 失智版這邊會要求查一下是不是民進黨95F 101.12.71.64 台灣 06/11 13:14
terry31131: 資助的研究發在民進黨外圍組織的期刊
terry31131: 上面
f87199443: 你那張box chart發散成這樣,QA會打死98F 223.136.181.1 台灣 06/11 13:15
f87199443: 你
ll6a: 這篇重點是免疫橋接代表性不足易受極端值影100F 27.53.160.138 台灣 06/11 13:17
ll6a: 響,某些人是不是中文要重修0.0..
piliwu: WHO不過他沒有替代方案啊102F 111.82.117.182 台灣 06/11 13:19
piliwu: 現在已經沒有真正三期了
ll6a: 昨天也沒公佈康復者抗體濃度104F 27.53.160.138 台灣 06/11 13:21
piliwu: 四大藥廠的產能就是非常不足全球需求105F 111.82.117.182 台灣 06/11 13:21
ll6a: 不知道是沒做還是藏起來106F 27.53.160.138 台灣 06/11 13:21
piliwu: WHO不給免疫橋過就只能擺爛看每天死人107F 111.82.117.182 台灣 06/11 13:21
piliwu: 這就是很多人看好會過的原因
RedCarp: 推109F 192.114.91.211 以色列 06/11 13:23
linarina: 推 謝謝110F 49.216.25.145 台灣 06/11 13:23
piliwu: 還在要學大藥廠三期的你的時間晚了一年111F 111.82.117.182 台灣 06/11 13:23
ms0286415: 還好吧  我文組都看得懂112F 180.176.139.245 台灣 06/11 13:25
ETTom: 專業文 給推113F 114.46.96.59 台灣 06/11 13:25
kennyone: 推!!114F 101.12.40.58 台灣 06/11 13:27
chrisjeremy: 終於有一篇正視聽的 前面幾篇真是群115F 220.129.52.80 台灣 06/11 13:27
chrisjeremy: 魔亂舞==
crv921: 用NIBSC 20/268 來當比較標準如何呢?117F 114.37.158.78 台灣 06/11 13:28
baobaoyui: 不是有學者說直接拿AZ當對照組就可以當118F 1.200.2.207 台灣 06/11 13:29
baobaoyui: 三期試驗
y800122155: 你盒鬚圖看起來分布很散 但是paper裡120F 123.193.249.26 台灣 06/11 13:30
altlsa0118: 謝謝講解121F 223.137.62.102 台灣 06/11 13:30
y800122155: 的SD很小啊 看起來兩個是對不上的122F 123.193.249.26 台灣 06/11 13:30
y800122155: 如果人家的SD真的小 那樣本數少就沒什
y800122155: 麼問題了 你要不要再確認這個部分?

y大眼睛很利

那個box chart的康復者血清用的是PseudoNA assay的方式測定
(這個是pseudovirus 有170幾個data)
來自於AZ phase 1/2的研究
而同篇做五個的那個是用另一個Marburg VN.的方式
Nature Med.那篇的表只拿後面Marburg VN.這個 因為他才是wild type virus
(不過其他人是不是跟他同一株我看搞不好也不見得?)
看起來是wild type virus在做neutrolization的SD真的比較小?
不過問題可能還是存在 畢竟拿三五個人討論SD意義實在不大

我不太確定有沒有比較大量用NCS做wide type virus的研究
還有幹嘛要做PseudoNA而不要大家都去做Marburg VN.就好
這個鍵盤學家小弟真的不會
恐怕要請更專業的大大補充


adsop: 推125F 101.9.20.170 台灣 06/11 13:32
drpp: 推126F 69.200.244.4 美國 06/11 13:33
h321123aa: 那個綠點分散成這樣沒有集中性,講什麼127F 223.136.234.41 台灣 06/11 13:34
h321123aa: 推論可靠度都不高阿
SaChiAgrass: 推你129F 114.136.229.239 台灣 06/11 13:34
timofEE: 專業文130F 1.169.65.203 台灣 06/11 13:35
changmada: 推131F 49.217.64.140 台灣 06/11 13:37
brian7045: 也拿太少,當年做生物實驗教授有說只要132F 61.227.239.66 台灣 06/11 13:38
BirthStone: 先推再說,反正看不懂133F 113.83.60.153 中國 06/11 13:38
brian7045: 樣本和實驗組各低於150個通通都會被他134F 61.227.239.66 台灣 06/11 13:40
brian7045: 當掉,3和5是來搞笑的?
tio2catalyst: 推這篇,免疫力本來就是比較性的136F 61.224.82.77 台灣 06/11 13:42
zzoohh: 認真都給推 比起一堆只會亂嘴的137F 211.22.230.67 台灣 06/11 13:43
deshuge1: 先推。白共會來噓。138F 49.216.37.194 台灣 06/11 13:43
aken59420: 陳時中下台吧139F 106.1.235.238 台灣 06/11 13:44
okah: 我文組廢物看不懂還是推140F 101.10.97.146 台灣 06/11 13:49
poisonshing: 跟我算的差不多141F 101.12.49.161 台灣 06/11 13:49
s4511981: 我先推以免被發現...142F 114.25.123.238 台灣 06/11 13:50
shacullen: 長知識推143F 123.110.147.213 台灣 06/11 13:53
domon0525: 推一個專業文144F 111.254.173.86 台灣 06/11 13:53
daemonshadow:145F 203.70.217.191 台灣 06/11 13:54
crv921: 上面說150組的實驗 不是做奇美拉鼠或哺乳146F 114.37.158.78 台灣 06/11 13:55
crv921: 類實驗吧 有些實驗的確會取小於十筆的數據
tweence:148F 223.141.229.158 台灣 06/11 13:55
crv921: 來分析149F 114.37.158.78 台灣 06/11 13:55
rainsilver: 這篇不錯 原來是這樣比較的150F 36.239.35.220 台灣 06/11 14:01
asidy: 快點推,免得被發現看不懂151F 123.204.126.142 台灣 06/11 14:01
tw316: 專業給推152F 220.140.1.139 台灣 06/11 14:03
petershaoo: 好棒,真的有人來解答了!153F 111.241.156.130 台灣 06/11 14:03
runronrun: 圖154F 223.136.154.126 台灣 06/11 14:09
beyonder: Who car 高端155F 114.46.162.170 台灣 06/11 14:12
Cetuximab: 大推156F 111.248.97.221 台灣 06/11 14:13
DrGolden: Nature 很愛收觀念跟技術突破性的論文157F 140.120.98.21 台灣 06/11 14:28
z900215ro: 這篇paper欠缺考慮的東西太多了 先保留158F 111.71.10.61 台灣 06/11 14:28
DrGolden: 但不代表認定這些新方法實務可行159F 140.120.98.21 台灣 06/11 14:29
DrGolden: 臨床驗效技術考率到實務價值,發在 NEJM
DrGolden: Lancet 上的話,還比發在 Nature M. 上
DrGolden: 更有參考意義
ny40yankees: 你這樣會被噓163F 223.137.199.96 台灣 06/11 14:32
ohlong: 你疫苗系?164F 111.82.128.130 台灣 06/11 14:33
blue237 
blue237: 你的研究忘記加上台灣價值了啦165F 71.202.170.130 美國 06/11 14:48
jtsu5223: 這麼有爭議還能發nature系列?能發就代166F 101.10.13.84 台灣 06/11 14:48
jtsu5223: 表在學術界受到一定認可了吧
Dheroblood: 有人會跳針沒3級就不行168F 223.137.239.188 台灣 06/11 14:56
tn00371115: 專業!169F 119.77.212.210 台灣 06/11 15:02
thirtyto: 專業推170F 111.254.109.186 台灣 06/11 15:39
mynewid: 推171F 101.12.65.127 台灣 06/11 15:54
f230072828: 快推, 不然會被笑看不懂172F 180.177.37.78 台灣 06/11 15:56
diiky: 推~173F 140.109.193.14 台灣 06/11 15:57
hhh6666: 堆174F 39.10.60.98 台灣 06/11 16:40
Reshiram: 專業文推175F 114.137.230.68 台灣 06/11 17:00
※ 編輯: Risian (118.171.197.91 臺灣), 06/11/2021 17:23:49
※ 編輯: Risian (118.171.197.91 臺灣), 06/11/2021 17:28:11
thenick: 期刊也是會跟風,去年開始做covid相關的176F 73.57.74.90 美國 06/11 17:35
thenick: 東西容易被接受,審稿速度也比較快
pepeboy: 學術就是這樣啊178F 111.251.4.253 台灣 06/11 18:44
sebum: 專業179F 220.134.88.106 台灣 06/11 20:12
A11pass: 這篇才是好文,推你180F 116.89.136.52 台灣 06/11 21:20
cmcmcmcm2: 推 專業181F 1.175.92.213 台灣 06/11 21:53
eldar: 感謝解說182F 140.112.235.23 台灣 06/11 22:39
sam352306: 3個應該是挑過有意義的數據吧。183F 39.12.216.30 台灣 06/12 05:08

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※ 看板: Gossiping 文章推薦值: 3 目前人氣: 0 累積人氣: 678 
( ̄︶ ̄)b sagi2020, hero825 說讚!
1樓 時間: 2021-06-11 13:49:07 (台灣)
     (編輯過) TW
看完了原Po的意思重點在於血清sample的選擇問題,做研究的團隊選擇sample
的數量和特徵理應有他們的模型去套用。
我的理解是,先定義抽幾個人然後細分特徵 如年齡性別甚至曾患過某些疾病或是患病中 還有可能調查樣本之人的運動習慣建構分析 模型這應該是藥廠的know how可能是該藥廠 或研究團隊在其他實驗中已驗證過的模型。
懂的人自然知道我在說什麼。原Po意指沒考慮 這點很可能站不住腳。
2樓 時間: 2021-06-11 14:01:12 (台灣)
  06-11 14:01 TW
先求不傷身再求有療效
3樓 時間: 2021-06-12 21:50:43 (台灣)
  06-12 21:50 TW
推 專業
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