蘇貞昌表示，「這次在奧運國手前往東京的旅程上，政府有安排不當的地方，我要再次誠摯地向每一位選手致歉」，每個國手都承載國人的期待，都為了讓世界看見台灣而拚鬥，這個時候要全心全力爭取勝利，也希望國人同胞給選手們加油。

東奧選手搭經濟艙事件爆發後，蘇貞昌19日晚間透過臉書道歉，他強調「奧運的主角是選手，不是陪同的官員」，讓奧運選手搭乘包機目的，是為了讓選手擁有更好的照顧和協助，如今卻發生讓相關行政人員搭乘商務艙、而選手搭乘經濟艙一事，思慮顯有不周，我要向所有奧運代表團選手致歉。

同時蘇貞昌提到，已致電戴資穎，向她誠摯道歉，也請體育署向所有選手轉達政府的歉意，他要求教育部潘文忠部長確實督導體育署，全力照顧所有國手的需求，讓他們全心投入賽事，無後顧之憂，至於整起事件，現在所有團員都在前線幫忙，待奧運結束後，我也會請教育部提出檢討報告，追究該追究的責任。

隔日，蘇貞昌20日上午第2度道歉。他表示，從蔡總統上任以來，為了讓台灣體育選手更好環境，真的用盡心力，編了60幾億整建左營訓練中心，為了這次東奧，也客製化為每位選手服務，包括教練、陪練員、按摩師，都做最好的安排，這次不只是商務艙，甚至包下整架飛機，原本一切美好，沒想到因為要配合相關規定，要是有任何一個人確診，前後左右選手就不能參賽，所以把選手排在比較寬的地方，「就算再怎麼立意良善，都要跟選手一個一個說明，取得選手的諒解跟同意」。

蘇貞昌也提到，「如果不能，該另外訂飛機商務艙就該訂，最不該的是官員不應該坐進去商務艙」他非常痛心，也誠摯向選手與國人同胞致歉，這樣的安排不對，「我們對不起，很不會安排」。