馬來西亞是東南亞這個地區其中一個最早有人類居住的地方。大約50,000年前，東馬砂勞越州的古老尼亞（Niah Cave〕洞裏，已經開始有人類居住了。在西馬，即馬來半島，內陸山區的原住民比馬來人更早就在這裏居住了。

位於柬埔寨的 Funan王朝，於公元初期曾經延伸其影響力到馬來半島。到了第七世紀，蘇門答臘的室裏弗遜（Sri Vijaya）王朝則在南中國海的區域崛起成爲最大的王朝。第十三世紀後半期，滿者伯夷（Majapahit〕王朝取代室裏弗遜，馬來半島也跟著落入滿者伯夷王朝的掌控中。

室裏弗遜王朝的王子拜裏米蘇拉，於大約1403年逃出滿者伯夷王朝的勢力範圍後，落腳在馬來半島的馬六甲，並在這裏建立了曆史上聞名的馬六甲王朝。也是在這個時候，大約於十五世紀初，回教被引進馬六甲王朝。

馬六甲王朝在全盛時期，是個聞名於世的港口及經貿中心。由於其位置處於航海及經貿的中心，又有良好的深水港口，東去資源豐饒的東方文明古國，西接印度、阿拉伯世界及歐洲西方列強，使到馬六甲不僅成爲繁榮一時的商業中心，它也同時成爲東西方多種文化互相碰面及交流的地方。中國明朝的鄭和就曾在七度下南洋的時候，到過馬六甲。爲了促進兩國之邦交，明朝的公主漢麗寶更是被遠嫁到馬六甲來。

西方列強於十六世紀相繼而來，葡萄牙人於1511年消滅了馬六甲王朝，開始了馬來半島的殖民史。葡萄牙統治馬六甲到1641年，被荷蘭人所擊敗，馬六甲又由荷蘭人所統治。英國人於十八世紀開始展延它對馬來半島的控制。1786年，萊特首登檳城，1819年萊佛斯占領新加坡，1819年英國人和荷蘭人的交換殖民地，使到英國人也獲得了馬六甲，並於較後成立了馬六甲海峽殖民地。

英國人和馬來蘇丹於1895年簽署的邦咯島協約，使到英國人的勢力進一步從馬六甲海峽殖民地延伸到內陸的馬來州屬。通過律政司（ResidentSystem）的制度，英國人逐漸全面的控制了整個馬來半島及新加坡。在英國人殖民的時期，英國人爲了大量開發錫礦及樹膠園，從中國及印度大量的引進勞工，使到馬來西亞的多元種族的社會特征開始形成。

在北婆羅洲方面，沙巴從1882年就被英北婆羅公司統治，直到日本軍隊在第二次世界大戰攻入占領爲止。砂勞越則是英人查爾斯布洛克和汶萊蘇丹協議下所建立起來的白人拉惹布洛克的天下。從1840年直到1942年，它都由布洛克家族所控制。在世界大戰過後，沙巴及砂勞越正式成爲英國殖民地。

1942年第二次世界大戰，日本軍入侵馬來亞，把英殖民政府擊潰並統治了馬來亞三年零八個月。日本投降後，英軍回歸馬來亞繼續其殖民。1948年，英殖民政府宣布全國進入緊急狀況以對付馬來亞共産黨。

1940年代末期及1950年代所掀起的爭取獨立運動，終於使到英殖民政府讓馬來亞於1955年進行了第一次的全國選舉，由代表馬來人的巫統、代表華人的馬華公會及代表印度人的印度國大黨所組成的聯盟（現在稱爲國陣），橫掃了52議席中的51席。1957年8月31日，聯盟主席東姑阿都拉曼宣布馬來亞獨立。馬來文成爲國語，回教成爲國教。東姑阿都拉曼出任第一屆的首相，並被稱爲國父。1963年，馬來亞聯同新加坡、沙巴及砂勞越組成了馬來西亞聯邦。但1965年，由於東姑阿都拉曼及李光耀的政治分裂，新加坡宣布退出馬來西亞。

1969年的全國大選成績，顯示人民對聯盟的支持急劇下降，反對黨所獲得的席位劇增。雖然聯盟仍然控制聯邦政府，但失去了吉蘭丹州政權，並在多個州議會裏面對強大的反對黨勢力。1969年5月13日，反對黨的勝利遊行在不同種族的相互嘲諷及挑釁的過程中，演變成種族沖突及流血事件，造成百多人喪失生命，無數財産被摧毀。此曆史事件被成爲513事件。

1970年，馬來西亞宣布實施爲期廿年的新經濟政策，其目的是要消除貧窮，重組社會，以拉近貧富的鴻溝。但這項政策所實行的固打制，也使到非馬來人社會非常不滿。1972年，第二任首相敦拉薩改變了外交政策，開始和共産國家接觸，並致力使東南亞成爲和平、自由及中立的區域。1974年，敦拉薩訪問中國，兩國的邦交自此一直密切發展至今。

1970年代，馬來西亞開始其工業化計劃。新經濟政策廿年的成果，已經使到馬來人的經濟地位大大提升。1991年，第四任首相馬哈迪醫生宣布推行爲期三十年的2020宏願計劃，致力使馬來西亞在2020年成爲先進國。直到目前爲止，馬來西亞仍然以每年超過8％的成長率發展，成爲其中一個世界上成長得最快的國家。