陸軍下士洪仲丘枉死案延燒月餘，軍方對馬英九總統的不滿也愈來愈高，一名重量級資深藍委昨不諱言，馬之前推動一連串軍中改革已讓國軍怨聲連連，這次洪仲丘案，馬一再讓軍方沒有尊嚴，軍方反撲勢力蠢蠢欲動，「馬已失掉軍心了，再下去可能會影響到國民黨鐵票。」

國軍退役將領挑明說，洪仲丘枉死案，是負責軍隊訓練、管理責任的「軍令系統疏失」，卻由負責軍政的國防部長高華柱下台，軍令最高首長參謀總長嚴明完全沒被懲處，還高升部長，「馬總統處置根本不公平，叫人如何服氣？」

陸軍多名資深官員也指出：「洪案就是海空軍聯手打壓陸軍。」洪仲丘案發生時，陸軍進行懲處，依規定連坐三級，懲處到六軍團指揮官陳泉官。但懲處名單提報國防部覆評時，當時主席嚴明竟直接裁示懲處層級要到陸軍司令李翔宙。軍方內部說法是，嚴明怕李會威脅他續任參謀總長寶座，才藉由懲處李翔宙限制其升遷。

一名退將說，馬承諾軍教課稅「課多少、補多少」跳票，後來大砍退撫，更讓現役及退役軍人寒心；現又在無縝密配套下讓《軍事審判法》於承平時期移轉司法，更讓老將失望，許多退役將領表示：「在家抱孫都比當馬政府部長強。」

但也有藍委為馬英九喊冤說，軍方處理洪案幾乎快搞垮國軍形象，且陸軍一再出包，如發旌忠狀給洪仲丘，馬事後氣得痛罵：「不知道在搞什麼東西！」