台灣紙上公司問題嚴重，與國內金融機構往來之上百萬家國內企業當中，竟然有高達25%企業查不到「最終受益人」，為了端正企業文化，行政院長林全在卸任前正式將《公司法》修法拍板定案，法務部次長蔡碧仲表示，目前非公開發行公司股權異動，並沒有在《公司法》規定的法定申報事項，讓非公開發行公司容易淪為洗錢犯罪的工具，新法修正通過後，未來國內16萬家「非公開發行公司」，依法必須向經濟部商業司申報股東名簿。

蔡碧仲表示，行政院洗錢防制辦公室，為了強化洗錢防制工作，要求金融機構落實對往來客戶的身份查核，先前金管會方面已承諾，金融機構往來企業客戶，其上層股東名單中持股超過25%之自然人部分，應該主動向金融機構揭露，但現在最大的問題，在於法人股東很多都是非公開發行公司，這些非公發公司的股權異動，因為不在《公司法》強制申報範圍，因此成為洗錢防制死角。

為了強化非公開發行公司監理，法務部與經濟部去年開始醞釀推動《公司法》，然而目前修法一波三折，先前「民間公司法全盤翻修小組」代表，積極向政府主張，應該廢止目前實施多年的會計師查核簽證辦法、建立公司祕書制度、建制新的電子E化平台，並且引進香港、新加坡的「公司秘書制度」，由公司秘書全權負責處理登記事宜

不過，這項改革建議在國內引發中小企業反彈，由於台灣中小企業家數高達130萬家，包括全國商業總會在內，對於《公司法》修法，準備引進電子E化平台，強化非公開發行公司股權結構的申報義務，都有很大的疑慮，部分法界人士也認為，廢止會計師的「驗資」制度，改由企業透過E化平台申報，有心造假的企業，未來還是可以申報假資料。

據了解，由於企業界對於E化平台的實施，目前存在不同聲音，當初經濟部會同法務部，修改《公司法》目的，無非是因為台灣有太多紙上公司，公司股東結構不明，紙上公司盛行的文化，恐將對明年底亞太洗錢防制組織評鑑，產生不利影響，行政院方面擔心，《公司法》修法若因E化平台爭議而延宕，恐將延後境內紙上公司股東結構的強制申報，因此決議現階段不透過法令，強制推廣E化平台申報。

蔡碧仲表示，國內目前有16萬家非公開發行公司，政府雖然可以透過財政部國稅局對特定個人財產，進行總歸戶清查，但上述資料係根據企業與個人年度申報資料歸戶整理，和股權異動時間，還是存在時間差，政府對於境內數以萬計的紙上公司股權異動，若無法即時掌握，未來在洗錢防制評鑑上，恐將成為重大瑕疵。

據了解，近年來台灣發生多起金融弊案，都與境內外紙上公司有關，2012年的台北雙子星弊案，得標境外廠商將借調的3000萬元佯充公司資本額，在公司設立登記完成後，3000萬元悉數返給金主。永豐金先前對於上海Star City的境外紙上公司所承作的放款，先前也是因為永豐金董事會，無法從該境外公司董事結構，判定該公司與永豐金大股東何壽川為利害關係人。

據了解，由於不少中小企業對於E化平台的線上申報制度，有很多疑慮，16萬家中小企業的股東名簿申報，未來一旦上路也是重大工程，因此《公司法》修法不會強制企業必須設置「公司秘書制度」與E化平台，非公開發行公司股權異動，也可採紙本方式申報。