在11月25日這天的上午過了十一點，他帶著自己所組成的民間防衛團體「楯之會」的四名成員，探訪位於東京‧市谷的自衛隊東部方面總部。他們一行五人進入房間之後，首先將自衛隊總監加以軟禁。接著使用日本刀和短刀，將發現異狀的約八～九名職員擊退之後，隨即要求在總監辦公室的陽台進行兩個小時的演說，於是現場立刻被封鎖。

在11月25日這天的上午過了十一點，他帶著自己所組成的民間防衛團體「楯之會」的四名成員，探訪位於東京‧市谷的自衛隊東部方面總部。他們一行五人進入房間之後，首先將自衛隊總監加以軟禁。接著使用日本刀和短刀，將發現異狀的約八～九名職員擊退之後，隨即要求在總監辦公室的陽台進行兩個小時的演說，於是現場立刻被封鎖。

過了正午時分，三島由紀夫在額際繫上了寫著「七生報國」字樣並有日本丸圖案的頭巾，手持日本刀登上了陽台，開始進行他預定的演說。不過，因為廣場上有許多吵鬧的民眾，使得原本預定進行兩個小時的演說，進行還不到五分鐘就被迫停止，這是三島由紀夫所料未及的。

他不管總監的勸阻聲「快住手！快住手！」拿起短刀「呀啊」地大喊一聲，毫不猶豫往自己的腹部刺下，往外橫切，割出了一個很大的傷口，腸子都從傷口流出來。這時候，學生會長森田必勝(當時25歲)，手裡拿著名刀「關孫六」從三島由紀夫的頸部揮下，結果並沒有很順利地砍斷頸椎骨，三島由紀夫無法忍受如此的痛楚，於是試圖咬舌自盡，第四次介錯(註二)改由另一名楯之會的會員來進行，這次總算是成功了。

接著輪到森田切腹，同樣由其它的會員替他介錯，森田也死了。剩下的會員將兩顆頭並排在地上才將總監釋放。這時機動隊(類似現在的鎮暴警察)才衝進房間，將房間裡站著哭的另外三名楯之會成員逮捕。

從三島由紀夫開始演說到事件結束，只有短短的廿分鐘，房間內的地毯到處都濺滿了腥紅的血跡，結果這三名成員依委託殺人罪各判處四年的有期徒刑。

三島由紀夫從策劃這次事件的那一天開始，就已經研擬了極為周全的計劃。和楯之會的成員們討論當天的行動腳本，甚至訓練成員們如何挾持總監。展開行動的那一天，成員們在楯之會本部詠唱辭世之句後，才出發前往自衛隊東方總部。三島還從醫生那兒學習怎樣切腹比較不會那麼痛苦，然後將畢生力作《豐饒之海》的完稿於當日交給出版社的編輯。

在發動事件之前，三島已經向一部份的媒體記者放出消息，希望藉由演說來達成他的計劃，沒想到事與願違，於是當場激憤地變更計劃，選擇以切腹結束他的生命。

事件結束後，街頭巷尾都在談論三島由紀夫的話題，當天的晚報幾乎銷售一空，前往書店買三島由紀夫小說的客人也絡驛不絕。甚至有人因為買不到《憂國》這本小說，氣極敗壞地將店員罵了一頓。不過，三島由紀夫的政治訴求，一般民眾的反應極為冷淡。當時的日本首相佐藤榮作被問及對此事的看法時，他說：「只能當作他是發瘋了」、「天才和瘋子之間只隔一紙之薄」；而中曾根康弘是當時的防衛廳長官(相當於國防部長)則以「迷惑千萬」(造成大家的麻煩)評斷之。

雖然在這個時代，切腹的行徑教人看來匪夷所思，但是對於向來倡導喚起武士之魂的三島由紀夫來說，不是以文人的身份而是以武人(軍人)的身份求死，也只有切腹一途吧！

切腹不會馬上死，所以十分痛苦，傳統日本武士道，有規定必須由旁人代為解除切腹者的痛苦，就是用武士刀將切腹者的頭砍下來，名為「介錯」。切腹的過程在三島由紀夫所寫的《憂國》中有極詳盡的描述。