小鎮村是一個滿是犯罪的城市，居民們生活得提心吊膽。有一天，尤教授從超級市場買了糖、香料和各種美好的東西，原本打算做出世上最完美的小女孩，卻被他的助手——一隻愛搗蛋的猴子啾啾推了一把，不小心打破了裝有化學物X的容器，化學物X就這樣加進了完美小女孩的成分之中，引起一陣爆炸。

爆炸過後，尤教授張開眼睛時驚訝的看見三個擁有大眼睛的可愛小女孩在他面前，還很有禮貌的向他打招呼。分別替她們取了名字：花花（Blossom，因為她很有禮貌，同時也因為她們是突然出現在他眼前的）、泡泡（Bubbles，因為她咯咯的笑，又十分可愛）和毛毛（Buttercup，因為同樣是「B」開頭，這個理由讓她相當不滿）之後，尤教授突然想起既然他當爸爸了，今天就是他的三個女兒的生日，於是連忙趕去城裡買禮物。他興高采烈的回到家時，不慎在樓梯上摔了一跤，當他被花花安全的接住，並看見她和泡泡以及毛毛都飄浮在空中時，他才知道他的女兒們並不是普通人。

尤教授將他的女兒們送到小橡樹幼稚園就讀，起初一切都很正常，但是在玩追逐遊戲時她們開始無意識的施展出超能力，最後演變成穿越整個城市的追逐戰，造成相當嚴重的破壞，以致於第二天早上她們去上學時，所有的同學都對她們投以憎恨的眼神。最糟的還不僅於此，她們走在街上時發現整個城市的人都討厭她們，這讓她們感到非常難過。

決定不使用超能力走路回家的她們遇上了啾啾，啾啾告訴她們自己想要製造一部機器來改善城市居民的生活，並請她們幫助他。想為小鎮村居民做些補償的花花、泡泡和毛毛答應了，她們協助啾啾造出了一座火山口上的基地，卻始終不知道這座基地真正的用途。

當她們滿懷期待的帶尤教授去看成果時，卻發現啾啾不但創造出一大群突變猿猴向人類攻擊，同時也自稱為魔人啾啾。她們嘗試著向尤教授解釋這全是一場誤會，尤教授卻垂下頭表示無法信任她們，又驚訝又傷心的她們大喊著「不——－！！！！」飛離了地球。在此同時，各種突變猿猴們持續襲擊著人類，身處遙遠太空的花花、泡泡和毛毛雖然聽見了人們驚慌的叫喊聲，卻不知道該怎麼做，直到魔人啾啾扼住尤教授的咽喉——

她們大喊著尤教授的名字以光速衝向市政廳，並在中途意外發現她們的超能力能夠拯救人們。雖然魔人啾啾利用化學物X的神奇功效讓自己巨大化且變得兇猛無比，花花、泡泡和毛毛還是靠著她們的神奇力量打敗了他。小鎮村的居民們也終於發現她們的好，並拜託她們擔任這座城市的守護者。就這樣，飛天小女警的故事開始了。