2016年11月17日，林靜儀表示：「民進黨政府沒有要進口福島食品。不要危言聳聽，也不要當科學盲。我們期待台灣是一個理性的社會。」[9]衛福部曾於立院報告：「初期仍將禁止福島地區食品來台，但其餘四縣（群馬、櫪木、茨城、千葉）先開放進口。」[10]

2016年11月23日中午，司委會突然有約8、9人進入會議室，說要禱告，隨後民進黨立委林靜儀助理在下午到司委會灑符水，遭議事人員制止，引發爭議。林靜儀晚間對於造成議事人員困擾道歉。[11]

2017年11月21日早網友爆料，指稱林靜儀辦公室電話線遭拔，拒接抗議電話，被酸「林靜音」。林靜儀在臉書回應自己在甲級動員而「助理在大便」，引發網友批評，遭台大教授李茂生酸：不知道林靜儀助理便祕多少年？[13]

2018年5月2日，民進黨籍立委林靜儀質詢環保署長李應元，『站在婦產科醫師的立場建議最好晚上十點後限電，大家早點下班回家，十點之後不要看電視，也不要開燈，早點睡，一方面解決能源問題，也可解決少子化問題。』[14]，後林靜儀接受媒體採訪澄清「只是在反諷，且該段質詢有11分鐘在談永續發展議題，希望大家也能多關注。」[15]

2018年6月13日，針對環保署限塑政策衍生之「用湯匙也可以喝珍奶」風波，表示自己「十多年來在這家很有名的珍珠奶茶店點熱珍奶時，一直都是杯子和湯匙，用湯匙喝珍奶其實沒甚麼大不了。」，照片一出反而慘遭網路酸民圍剿。[16]

2019年11月16日，針對民進黨團冷凍礦業法，表示「礦業法就是一個修法過程拼命加蔥加到整鍋壞掉的例子。2017年一度接近有機會完成，結果覺青加蔥、原青加蔥、環團加蔥、民代加蔥，沒有人有辦法接受妥協的道德瑕疵。已然無解。修法過程不理性，就是毀了一切。」，引起同黨立委林淑芬不滿，隔空喊話「誰加蔥？誰加料？不用老是指著人民的鼻子教訓人民。」[18]

2020年1月3日，林靜儀在接受德國之聲採訪時表示主張與對岸的中國大陸統一可能涉及叛國。事後引發爭議，林辭去蔡英文總統競選辦公室發言人一職[19]。蔡英文在其個人臉書提出，經由民主機制，可以讓台灣人民找到國家認同的最大公約數。她認為中華民國台灣是人民共識所在[20]

2021年5月27日，三立新聞報導林靜儀臉書痛批柯文哲「不疫調、不匡列、不隔離還開夜市搞群聚，你是多希望全台灣繼續三級警戒下去？」[21]。隨後，台北市政府說明疫調工作一直正常進行，並舉出防疫旅館隔離人數即為持續疫調匡列的結果。7月4日，林靜儀改口稱北市府有疫調，改為酸確診個案足跡史僅有四筆[22]。對此，台北市政府說明是根據疫調足跡公布標準進行，另外網友發現前一年2020年12月23日，林靜儀曾在臉書上發文表示「我實在不理解有人要求公布『感染者所有去過的路線』目的是什麼，當偵探當上癮了嗎？我沒興趣知道感染者走過哪條街，那是中共人臉辨識才有興趣的事。」[23]，網友認為林靜儀穿越時空打臉自己[24]。

2021年9月4日 ，中時新聞網報導林靜儀在9月2日臉書發文表示，目前台灣疫苗接種人次達1098萬。台灣自購加上COVAX平台加上友好國家捐贈的超過2000萬劑、民間團體購買捐贈的1500萬劑，數量還不夠嗎？林靜儀也指出，「1500萬劑都到貨的話，我覺得打不完啦。」藥師林士峰4日在臉書貼文表示，報告民進黨林靜儀醫師，去年指揮官已經開示過，疫苗多買總比不夠好，你們不是一直跟我們說，買疫苗又不是買菜，國際上大家都在搶，既然搶手，又怎麼會有打不完的問題？用不完應該很容易轉送或轉賣給其他國家。更何況現在台灣疫苗接種第一劑的人還不到一半，第二劑完整接種的人還不到5%。不知道妳哪來的勇氣認為國際認證疫苗進來台灣，會有打不完的問題。[25]