在黃國昌揭發「總統專機私菸案」後,透過「網軍輿論出征」與「選戰基層施壓」等政治外力進行全面反撲,最終間接促成時代力量內部分裂亡黨與大綠小綠的正式決裂。當時正值 2020 年總統大選前夕,此弊案對爭取連任的蔡英文政府造成極大政治危機,進而引發綠營一連串的政治反制:
1. 綠營側翼與支持者的輿論「出征」貼上背叛標籤:案件爆發後,大量英粉與綠營側翼灌爆黃國昌的臉書,痛批他「背叛泛綠陣營」、「暗助國民黨」、「害大綠小綠一起死」。
質疑揭弊動機:親綠輿論開始操作風向,質疑黃國昌是為了時代力量的政黨票和個人政治聲量,不惜在民進黨大選關鍵期「扯後腿」,將揭弊行為打為政治鬥爭。
2. 選戰基層的政治施壓與焦慮基層支持者切割:由於時代力量與民進黨在基層支持者上有高度重疊,私菸案讓民進黨基層產生強烈焦慮。許多原本支持時力的綠營選民憤而發動拒投,揚言「全面下架時代力量」,直接動搖時力的政黨票根基。限縮泛綠合作空間:民進黨內部派系對時代力量的態度大幅轉冷,使得兩黨原本在 2020 年立委選舉中「區域禮讓、共同抗中」的合作默契與談判空間徹底破裂。
3. 間接促成時代力量「路線撕裂」與退黨潮私菸案如同催化劑,將時代力量內部原本就存在的「走獨立路線(黃國昌派)」與「親綠當小綠(林昶佐、洪慈庸派)」的路線矛盾徹底引爆:內部嚴重爭執:當時同黨立委洪慈庸及林昶佐坦言基層壓力極大,深怕弊案衝擊蔡英文選情,甚至私下質疑黃國昌「吵架就揚言離家出走」;黃國昌則反嗆不願當聽從民進黨指令、在背後開槍的家人。爆發退黨潮:案件爆發不到一個月內,林昶佐與洪慈庸因不認同黃國昌窮追猛打的路線,先後宣布退出時代力量,時力迅速走向泡沫化。
4. 府方的冷處理與定調淡化弊案嚴重性:蔡英文總統在事發初期,將案件定調為「超買」而非走私,黃國昌當時痛批這是總統府幕僚出的餿主意,企圖透過行政話術淡化政治衝擊。這種行政定調在當時被在野黨指控是試圖透過政治權力干預司法偵辦風向。