當時還是總統候選人的馬英九就提出「核四不但要續建，還要速建，讓核四儘快完工，提供更多不會排放二氧化碳的能源」的政策。上任之後，時任行政院長的劉兆玄即在院會中裁示 ：「核四應儘速於明年完工商轉」。

2001年1月15日，司法院大法官作出釋字第520號解釋文[13]，解釋文說明：「核四停建屬於國家重要政策的變更，行政院應向立法院提出報告並備質詢，立法院亦有聽取的義務。立法院作成反對或其他決議，應視決議的內容，由各有關機關協商解決方案，或根據憲法機制選擇適當途徑解決僵局。」大法官認為行政院未事先向立法院提出報告而片面宣布停建核四，立法院未參與重要決策，與憲法規定不符。大法官解釋文公布後，1月30日，立法委員鄭永金等91人提動議案。最終以135：70的比數表決通過決議：立法院依大法官會議所作第520號之解釋意旨，再予確認核能四廠預算具有法定預算效力。反對行政院逕予停止核能四廠興建之決定；行政院應繼續執行相關預算，立即復工續建核能四廠。同年1月30日立法院召開臨時會，聽取行政院院長張俊雄報告，31日立法院作成核四立即復工的決議，但行政院對此項立法院決議並不接受。但在釋字第520號解釋文以及鉅額違約金（約數百億，不包含後續電價調漲的部份[14]）的雙重壓力下，行政院與立法院多次協商，最後在2月13日由行政院院長張俊雄與立法院院長王金平簽署協議書，達成核四復工協議，立法院同時收回總統罷免案。