1918年8月，響應孫中山的護法運動，在胡景翼等人的推舉下，擔任陝西靖國軍總司令，
擁兵約2.5萬，以三原為中心，控制渭北、西府、陝東等地，對抗北洋皖系的陳樹藩，後
廣東軍政府更任命他為陝西督軍。未來中原大戰差點幹掉蔣介石的樊鍾秀、西安事變差點
幹掉蔣介石的楊虎城等都還當過他的部將。

之後直皖戰爭皖系戰敗，陳樹藩亦失勢，靖國軍內以胡景翼為首的主要力量主張接受直系
改編，反對的于右任在楊虎城等小部分人的支持下退走。期間吳佩孚還欲聘請他作為高階
軍事顧問，只是被拒絕了。之後的第一次直奉戰爭還曾參與攻擊直系，戰敗之後自覺無望
，于右任才決定到廣州與孫中山合流，軍隊則交由楊虎城，接受井岳秀改編(後來成為馮
玉祥西北系的成員) 。